Përhapja e shkollave dhe e mësimit të gjuhës shqipe, si edhe zhvillimi i kulturës kombëtare në përgjithësi, shtruan në rend të ditës nevojën e caktimit të një alfabeti të vetëm. Rilindësit me të drejtë e shihnin mungesën e një alfabeti të njëjtë të gjuhës shqipe jo vetëm si një problem gjuhësor e kulturor, por edhe si një çështje politike, një shenjë ndasie, që pengonte bashkimin e shqiptarëve. Zgjidhja e saj do të ndihmonte si në lëvrimin e mëtejshëm të gjuhës e të letërsisë shqipe, ashtu edhe në konsolidimin e unitetit kombëtar dhe të bashkimit politik të popullit shqiptar.
Vendosja e një alfabeti të njëjtë të gjuhës shqipe u përgatit gjatë një epoke të tërë të Rilindjes, falë veprimtarisë krijuese në lëmin e gjuhësisë dhe të letërsisë të brezave të tërë të iluministëve shqiptarë, gjuhëtarë, shkrimtarë, poetë, publicistë etj. Një ndihmesë të vyer dhanë organet e shtypit, sidomos ato të viteve të fundit të shek. XIX dhe të fillimit të shek. XX, ku spikati në mënyrë të veçantë revista “Albania” (Bruksel-Londër, 1897-1909) e Faik Konicës. Miratimi i alfabetit (alfabetares) së Stambollit, në vitin 1879, ndonëse shënoi një hap të rëndësishëm përpara në rrugën e vendosjes së një alfabeti të njëjtë të gjuhës shqipe, nuk arriti ta zgjidhte përfundimisht këtë çështje.
Alfabeti i Stambollit u përhap vetëm në Shqipërinë e Jugut e të Mesme, ndërsa në Shqipërinë e Veriut, posaçërisht në Shkodër përdoreshin tri alfabete të tjera për shkrimin e shqipes, ai i shoqërisë “Bashkimi” (1899), i “Agimit” (i jezuitëve) dhe alfabeti i shkrimtarëve të vjetër të Veriut, që përdorej më shumë nga klerikët katolikë. Organet e shtypit shqiptar, ndonëse botoheshin të gjitha me alfabetin latin, kishin ndryshime ndërmjet tyre. Në rrethana të tilla, vendosja e një alfabeti të njëjtë të gjuhës shqipe do të arrihej jo vetëm në luftë me sunduesit e huaj osmanë, që përpiqeshin ta pengonin atë si një arritje që do të çonte në afirmimin e mëtejshëm të kombit shqiptar, por edhe duke kapërcyer frymën dhe interesat lokalë të shoqërive e të grupeve kulturore shqiptare, që ushqeheshin edhe nga dasitë krahinore të trashëguara nga e kaluara.
Ndonëse në thelb ishte një çështje kulture, njësimi i alfabetit të gjuhës shqipe paraqitej njëherazi një nga problemet më të rëndësishme politike të kohës, zgjidhja e të cilit do të varej nga zhvillimi i lëvizjes kombëtare në përgjithësi. Në të vërtetë, thirrja e kongresit për njësimin e alfabetit të gjuhës shqipe u bë e mundur vetëm në rrethanat e reja, që u krijuan për lëvizjen kulturore-kombëtare pas shpalljes së kushtetutës në vitin 1908.
Nismën për thirrjen e kongresit për njësimin e alfabetit të gjuhës shqipe e mori klubi “Bashkimi” i Manastirit, që luante rolin kryesor ndërmjet klubeve shqiptare. Drejtuesit e këtij klubi, menjëherë pas themelimit të tij, e shpallën zgjidhjen e kësaj çështjeje si detyrën më të ngutshme të lëvizjes kombëtare. Gjatë muajve gusht- shtator, pasi kishte marrë edhe pëlqimin e klubeve e të shoqërive të tjera atdhetare, klubi i Manastirit ndërmori masat konkrete për thirrjen e kongresit kombëtar për çështjen e alfabetit. Në “Zëdhënien” që u shpërnda me këtë rast, ftoheshin të merrnin pjesë në kongres “gjithë shqiptarët, brenda dhe jashtë Shqipërisë”, si edhe “çdo filolog” shqiptar. Nisma e tij u prit mirë nga atdhetarët shqiptarë dhe nga klubet e shoqëritë patriotike brenda e jashtë vendit, që u treguan të gatshme të dërgonin përfaqësuesit e tyre në këtë kongres.
Kongresi u hap në Manastir më 14 nëntor 1908 dhe i vijoi punimet deri më 22 nëntor. Në Kongres morën pjesë 32 delegatë me të drejtë vote, që përfaqësonin 26 qytete e shoqëri të ndryshme shqiptare brenda dhe jashtë atdheut, si dhe 18 delegatë të tjerë si pjesëmarrës pa të drejtë vote. Kongresi i Manastirit u shndërrua kështu në një kuvend të vërtetë mbarëshqiptar, në të cilin morën pjesë gjithsej 50 delegatë nga të gjitha anët e Shqipërisë, nga qytetet e vilajeteve të Manastirit, të Kosovës, të Janinës e të Shkodrës, si edhe nga shoqëritë shqiptare të Bukureshtit, të Sofjes, të ShBA-së, të Egjiptit, të Italisë etj.
Kongresi i Manastirit për çështjet që diskutoi e zgjidhi dhe si një nga tubimet më të gjera e më përfaqësuese nga përbërja e tij, vlerësohet me të drejtë si kuvendi më i rëndësishëm kombëtar në historinë politike e kulturore të shqiptarëve në fillim të shek. XX. Delegatë të tij ishin shkrimtarët dhe publicistët më të njohur, lëvrues të gjuhës shqipe, laikë e klerikë, si Gjergj Fishta, Nikollë Kaçori, Ndre Mjeda, Gjergj Qiriazi, Mithat Frashëri, Hilë Mosi, Mati Logoreci, Thoma Avrami, Sotir Peci, Shahin Kolonja, Luigj Gurakuqi, Adam Shkaba; veprimtarë të lëvizjes kombëtare dhe të klubeve shqiptare, si Bajram e Çerçis Topulli, Mihal Gramenoja, Fehim Zavalani, Dhimitër Mole, Nyzhet Vrioni, Rrok Berisha, Leonidha Naço, Dhimitraq Buda, Akil Eftimi, Shefqet Frashëri, Refik Toptani, Gligor Cilka, Emin bej Shkupi, Hafiz Ibrahim efendiu (nga Shkupi), Ramiz Daci, Xhemal Beu (nga Ohri), Fahri Frashëri (nga Resna) etj. Kryetar i Kongresit u zgjodh Mithat Frashëri, ndërsa nënkryetarë Luigj Gurakuqi e Gjergj Qiriazi. Megjithatë, për një varg arsyesh të diktuara nga rrethanat e kohës, pati edhe intelektualë të shquar (si Faik Konica etj.) që nuk arritën të merrnin pjesë në punimet e këtij Kongresi.
Gjatë dy ditëve të para të Kongresit u zhvilluan mbledhje të gjera e të hapura, ku morën pjesë, përveç delegatëve, edhe intelektualë e nxënës të shkollave të Manastirit, si edhe banorë të tjerë të këtij qyteti, rreth 400 veta. Këto mbledhje u shndërruan në manifestime kombëtare, në të cilat u mbajtën fjalime patriotike për nevojën e bashkimit të të gjithë shqiptarëve, gegë e toskë, myslimanë e të krishterë, si dhe për përparimin e kombit e të kulturës së tij.
Vendin kryesor në punimet e Kongresit, duke përfshirë edhe mbledhjet e hapura, e zuri çështja e caktimit të një alfabeti të përbashkët për të gjithë shqiptarët. Gjatë diskutimeve që u bënë në ditët e para, të gjithë shfaqën mendimin se alfabeti që do të vendosej duhej të kishte si bazë atë latin. Por pikëpamjet e delegatëve më tej u ndanë, prandaj në ditën e tretë të punimeve Kongresi zgjodhi një komision prej 11 vetash, të kryesuar nga at Gjergj Fishta, ku bënin pjesë njohësit më të mirë të gjuhës shqipe, përkrahës të alfabeteve të Stambollit, të “Bashkimit”, të “Agimit”, si dhe intelektualë të tjerë të shquar. Komisionit iu dhanë fuqi të plota për të vendosur për këtë çështje.
Pas shumë diskutimesh Komisioni vendosi që të mos merrej në vështrim asnjëri nga tri alfabetet e përmendura më sipër, por të krijohej një alfabet i ri mbi bazën e atij latin, duke u dhënë shkronjave latine vlera fonetike në përputhje me nevojat e gjuhës shqipe. Por Komisioni ndeshi në vështirësi për caktimin e shkronjave dyshe, që nevojiteshin për ata tinguj të shqipes, që i mungonin latinishtes (për dh, gj, nj, th etj.). Në këto rrethana, pas tri ditë diskutimesh (17-19 nëntor), anëtarët e Komisionit, sikurse thuhej në vendimin e Kongresit, “të shtyrë edhe nga disa shkaqe të përjashtme”, nuk arritën të caktonin një alfabet të vetëm për gjuhën shqipe, prandaj vendosën “të kthehen prapa”, duke pranuar alfabetin e Stambollit “e me të bashkë edhe një abece thjesht latine, që të përdoreshin e të mësoheshin bashkarisht në mes të shqiptarëve”. Të dy alfabetet do të përdoreshin detyrimisht në shkolla.
Ky vendim, që vetë Kongresi e quajti kthim prapa, u argumentua nga Komisioni me “disa shkaqe të përjashtme” dhe pikërisht me nevojën për të shtypur me alfabetin thjesht latin libra jashtë Shqipërisë dhe për korrespondencat me jashtë. Në të vërtetë, me shkaqe të jashtme nuk kuptoheshin vetëm ato thjesht teknike, por edhe trysnia e ushtruar mbi Komisionin nga qarqet e shoqëritë e ndryshme shqiptare, që ishin për alfabetin e Stambollit (në Shqipërinë e Jugut) dhe atë të “Bashkimit” në Gegëri e sidomos në Shkodër. Vendimi për të përdorur bashkërisht dy alfabete u mor për të mos shkaktuar përçarje në radhët e delegatëve dhe të shqiptarëve në përgjithësi. Në të njëjtën kohë ai u quajt si një zgjidhje e përkohshme për të kaluar në të ardhmen në përdorimin e një alfabeti të vetëm.
Ndonëse nuk caktoi një alfabet të vetëm, vendimi i Kongresit të Manastirit ishte një hap i rëndësishëm përpara në rrugën e zgjidhjes përfundimtare të çështjes së alfabetit të shqipes dhe ushtroi një ndikim të fuqishëm në bashkimin politik dhe përparimin e mëtejshëm kulturor të kombit shqiptar. Me këtë vendim iu dha fund kaosit që mbretëronte deri atëherë në çështjen e shkrimit të shqipes. Në vend të alfabeteve të shumta që ishin përhapur në Shqipëri e në kolonitë e mërgimit, tani do të përdoreshin vetëm dy, edhe këta bashkërisht. Përveç kësaj, duke vendosur për dy alfabete, që mbështeteshin në atë latin, Kongresi i Manastirit ripohoi edhe njëherë vendosmërinë e shqiptarëve për të mbrojtur individualitetin e tyre kombëtar, kundër orvatjeve të xhonturqve për t’u imponuar alfabetin arab dhe për t’i identifikuar ata me turqit.
Atë që nuk e çoi dot deri në fund Kongresi i Manastirit, e zgjidhi përfundimisht vetë jeta e popullit shqiptar. Alfabeti thjesht latin, duke qenë i papërzier e më homogjen nga karakteri i shkronjave, më i lehtë e më praktik për shtyp, u përhap gjithnjë e më shumë dhe nga fundi i Luftës së Parë Botërore u bë tashmë alfabeti i përbashkët e i vetëm për gjithë shqiptarët, alfabeti i sotëm i gjuhës shqipe. Megjithëse çështja e njësimit të alfabetit zuri vendin kryesor në punimet e Kongresit të Manastirit, vetë Kongresi nuk ishte një mbledhje thjesht gjuhësore, por edhe një manifestim politik. Krahas tubimeve të hapura, u organizuan edhe mbledhje të fshehta kushtuar çështjeve politike të ditës. Objekti kryesor i diskutimeve në këto mbledhje ishin marrëdhëniet e shqiptarëve me turqit, lufta për të drejtat kombëtare të popullit shqiptar, për zhvillimin kulturor dhe ekonomik të vendit, si edhe marrëdhëniet me shtetet evropiane. Përfundimet e këtyre diskutimeve dhe vendimet që u morën në këto mbledhje, u përfshinë në programin kombëtar prej 18 pikash që iu dha deputetit të Korçës, Shahin Kolonjës, për ta paraqitur në parlament në emër të shqiptarëve. Ky program ështe një nga dokumentet më të rëndësishme të Kongresit të Manastirit, në të cilin u pasqyruan aspiratat e shqiptarëve për autonominë territoriale-administrative të Shqipërisë.
Vendin kryesor në program e zinin kërkesat politike për “njohjen zyrtare të kombësisë shqiptare dhe të gjuhës shqipe”. Në lidhje të ngushtë me këtë kërkohej emërimi i nëpunësve shqiptarë në të katër vilajetet, zgjedhja e të gjitha organeve lokale, zgjerimi i kompetencave të tyre dhe kryerja e shërbimit ushtarak nga dy deri në dy vjet e gjysmë në Shqipëri, nën drejtimin e oficerëve shqiptarë të dalë nga shkollat ushtarake që do të ngriheshin në vend.
Pjesë përbërëse e kërkesës për njohjen e kombësisë shqiptare dhe e të drejtave të saj, ishte edhe themelimi i shkollës së pavarur shqipe, që do të arrihej duke i kthyer të gjitha shkollat shtetërore turke në Shqipëri, ato fillore, qytetëse e të mesme, në shkolla kombëtare dhe duke vendosur gjuhën amtare shqipe “si gjuhë mësimi në të gjitha këto shkolla shtetërore”, ndërsa turqishtja do të mësohej si lëndë e veçantë, duke filluar nga viti katërt i shkollës fillore. Të lidhura ngushtë me këtë ishin edhe masat që parashikohej të merreshin për kthimin e shkollave në gjuhën greke, që funksiononin për shqiptarët e krishterë, në shkolla kombëtare, me gjuhën shqipe si gjuhë mësimi, duke i hequr ato nga administrimi i klerit dhe duke i shpallur shkolla shtetërore. Këto shkolla do të mbaheshin me të ardhurat nga pasuritë e kishave, të cilat duhej të administroheshin nga shteti dhe me të ardhurat e buxhetit të shtetit osman. Për t’u prerë rrugën ndërhyrjeve të Austrisë, të Italisë e të Greqisë në Shqipëri, kërkohej që klerikët katolikë e ortodoksë të paguheshin nga shteti turk. Me këto masa do të kufizohej ndikimi i propagandave të huaja shkollore e kishtare në Shqipëri, sidomos i asaj greke.
Një nga kërkesat më të rëndësishme në fushën e arsimit ishte ajo për themelimin e një universiteti shqiptar, që kishte qenë aspiratë e hershme e rilindësve. Për përgatitjen e profesorëve për këtë universitet do të dërgoheshin çdo vit, me bursa të shtetit, të rinj që do të mësonin në shkollat e larta të Evropës dhe të ShBA-së. Po kështu kërkohej të themelohej një muze arkeologjik kombëtar në një nga qytetet e Shqipërisë.
Programi përmbante gjithashtu një varg masash, që kishin për qëllim zhvillimin ekonomik të vendit, për të cilin ishte interesuar borgjezia shqiptare. Të tilla ishin masat për hapjen dhe shfrytëzimin e minierave, për ndërtimin e hekurudhave nga sipërmarrës shqiptarë, për ngritjen e ekonomive të mëdha bujqësore në Myzeqe etj. Në pjesën ekonomike përfshihej edhe kërkesa për kufizimin e depërtimit të kapitalit të huaj në ekonominë shqiptare, që kishte për qëllim të ndalonte ekspansionin ekonomik të shteteve të huaja dhe në mënyrë të veçantë t’u jepte mundësi borgjezisë shqiptare e kapitalit vendas të shtinte në dorë tregun dhe ekonominë e Shqipërisë.
Programi politik, i miratuar në Kongresin e Manastirit, megjithëse nuk përmbante kërkesa të domosdoshme për organizimin e një shteti autonom, si veçimi i territoreve shqiptare dhe forma e qeverisjes së tyre, ai pati rëndësi të veçantë, sepse i përmbysi shpresat e tyrqve të rinj dhe të bashkëpunëtorëve të tyre shqiptarë për ta kufizuar Kongresin vetëm me çështjet e alfabetit, për ta mbajtur larg problemeve politike e luftës kundër regjimit xhonturk. Miratimi i tij dëshmonte gjithashtu se Lëvizja Kombëtare Shqiptare edhe pas shpalljes së kushtetutës kishte ruajtur karakterin e saj politik e të pavarur dhe kishte si objektiv themelor realizimin e autonomisë së Shqipërisë.
Kongresi i Manastirit shënoi gjithashtu një hap të rëndësishëm në ngritjen e shkallës së organizimit të Lëvizjes Kombëtare Shqiptare. Vetë thirrja e tij si një forum mbarëkombëtar, vendimet që mori për çështje të tilla që i takonin gjithë kombit dhe, në mënyrë të veçantë, njohja faktike e klubit të Manastirit si klub qendror, me të cilin do të mbanin lidhje gjithë klubet e tjera, dëshmojnë për vendosjen e një bashkërendimi të veprimtarisë organizative e politike-kulturore të klubeve dhe të shoqërive shqiptare, nën drejtimin e klubit “Bashkimi” të Manastirit. Jo rastësisht konsujt e huaj e trajtonin këtë masë si një përpjekje që do të krijonte njëlloj federate të klubeve shqiptare.
Vendimi për t’i dhënë klubit “Bashkimi” të Manastirit, që qëndronte në krye të luftës për të drejtat kombëtare të shqiptarëve, atributet e një klubi qendror, u arrit pas kundërshtimit të përpjekjeve të krahut të moderuar të lëvizjes kombëtare për t’u imponuar klubeve e shoqërive shqiptare udhëheqjen politike dhe organizative të klubit të Stambollit, drejtuesit e të cilit, përgjithësisht, njiheshin si përkrahës të xhonturqve.
Kongresi i Manastirit dhe vendimet e tij përbëjnë një nga ngjarjet më të rëndësishme në historinë e re të popullit shqiptar. Për herë të parë pas kuvendeve, që u mbajtën në periudhën e Lidhjes së Prizrenit (1878-1881) dhe të Lidhjes së Pejës (1899-1900), u mblodhën në këtë Kongres përfaqësues nga të gjitha krahinat e Shqipërisë dhe u morën vendime të rëndësishme për çështjen e alfabetit e për ato politike, që ndihmuan për ngritjen në një shkallë më të lartë të kulturës e të arsimit shqiptar, si edhe për bashkimin e tij të mëtejshëm në luftën për çlirimin kombëtar.